1- گسترش دولت الکترونیک و تکمیل زیر ساخت ها جهت استفاده از امضاء الکترونیک در تجارت الکترونیک
2- شناسایی کانون های توسعه علی الخصوص توسعه هدفمند
3- نیروی انسانی دریایی و چگونگی تشویق نیروهای ایرانی جهت اشتغال بر روی ناوگان دریایی
4- بنادر و رقابت آنها با کشورهای حاشیه و منطقه
5- قوانین و مقررات مورد نیاز در بخش حمل و نقل دریایی
6- استقرار سیستم مدیریت کیفیت جامع و تعالی سازمانی (EFQM)
7- حمل و نقل مسافری دریایی - شرکت های کشتیرانی و بنادر مسافری
8- برنامه ریزی و اجرای ترانزیت و محل کالا از طریق ایران – ترکیه
9- ساماندهی عملیات تخلیه و بارگیری بصورت یکپارچه
10- نوسازی ناوگان صنعتی دریایی
11- چگونگی تعامل با سایر ذینفعان دریایی (خصوصی - تعاونی - NGO)
12- چیدمان و تنوع کالا از نقظه نظر منطقه ای در امر تجارت
13- امور قابل واگذاری و مکانیزمهای توسعه مشارکت بخش غیر دولتی
14- ارتقاء بهره وری و افزایش بازده سرمایه
15- پیاده سازی نظام مدیریت عملکرد در سطوح سازمانی - مدیریتی (واحدها) و پرسنل
16- توجه ویژه به نیروی انسانی و آموزش تکمیلی آنان در مقطع بالاتر توام با بازدیدهای میدانی و انجام کارهای کارگاهی
17- نحوه برگرداندن کشتی های از پرچم خارج شده به پرچم ایران
18- نحوه تعامل اتاق فکر با سایر بخش های سازمانی از جمله نظام پیشنهادات در سازمان
19- تعیین جایگاه نظارتی در واگذاریها
20- جایگاه حاکمیتی سازمان و راهکارهای تقویت و اجرایی نمودن این جایگاه
21- نقش نیروی انسانی در سازمان و ارتقاء ایشان بر اساس تدوین سیستم های مصوب
22- بازنگری جدی سیستم تعرفه گذاری در سازمان بنادر
23- طراحی زون بندی اراضی بنادر در امور سرمایه گذاری و اصلاح زون بندیهای موجود
24- کاربرد بهینه GIS در تهیه طرح نقشه های بنادر
25- ایجاد و فعال نمودن کمیته بررسی و بروزرسانی VTS ، VTM
26- شفاف سازی جایگاههای صف و ستاد در سازمان و تقویت نظارت سازمان بر عملکرد بنادر
27- تدوین روش و استانداردسازی تعیین و انتخاب مدیران سازمان (تا حد مدیران کل)
28- توان سازمانی و استفاده از تخصص و تجربیات افراد بازنشسته سازمان
29- واگذاری امور به تعاونی پرسنل سازمان و لزوم حمایت سازمانی
30- بکارگیری نیروهای متخصص و لزوم تربیت نیروهای سازمانی از طریق شرکت در دوره های بین المللی
31- روش های ایجاد انگیزه در نیروی انسانی بمنظور پیشبرد اهداف سازمانی و افزایش بهره وری
32- نقد و بررسی چالش ها و تهدیدهای فرا روی سازمان بمنظور چابک سازی فعالیت ها در رسیدن به سند چشم انداز
33- شناسایی افراد مستعد و توانمند و خلاق بر اساس معیارهای شایسته سالاری و شایسته بینی
34- افزایش تعداد استان های ساحلی با رویکرد ایجاد ظرفیت بیشتر برای سواحل (توسعه دریا محور)
35- جایگاه مرجع دریایی کشور (Maritime administrator) و راههای انتقال آن
36- مدیریت بنادر بعنوان مراکز و بنگاههای تجاری
37- سند جامع راهبری دریایی کشور (تدوین و تصویب)
38- ساختار و تشکیلات سازمان بنادر بطور عام و بخش حاکمیت بطور خاص
39- ممیزی اجباری آیمو از مرجع دریایی فرصت ها و چالش ها
40- قانون و مقررات خاص سازمان بنادر و دریانوردی و نحوه بهره گیری از پتانسیل ها و توانمندیهای آن در مسیر اهداف
41- ماموریت های سازمان بنادر و دریانوردی با توجه به اقتضائات موجود
42- فرهنگ سازمانی و اخلاق اداری متناسب با شأن ساختار حاکمیتی موجود
43- افق چشم انداز سازمان و برش دوره ای مختلف از آن
44- راههای دستیابی به اهداف کوتاه مدت، میان مدت و دراز مدت سازمان.
45- بررسی مسائل مختلف مربوط به نیروی انسانی در راستای ایجاد انگیزه بیشتر، رعایت عدالت، جذب و نگهداری و ...
46- تعیین تعرفه خدمات مسافری
47- اخذ سند مالکیت جهت بنادر تازه تاسیس
48- ساختار بنادر کشور و چگونگی فعالیت تجاری آنها (با بخش خصوصی - تعاونی)
49- ایجاد ساختار نظام مند تعرفه ای مبتنی بر قانون و مقررات وضع شده
50- ساماندهی نرم افزارهای موجود سازمان
51- بازنگری در نحوه خصوصی سازی و ارجاع امور به بخش خصوصی
52- تقویت وابستگی و علاقمندی پرسنل به سازمان و مهم بودن سرنوشت سازمان
53- تقویت روحیه خانوار سازمانی
54- شناسایی کانون های جدید درآمدی در بنادر در راستای اهداف سازمان و با محوریت رضایت مشتری
55- استقرار نظام مدیریت دانش در سازمان و بنادر تابعه
56- دامنه فعالیت های اتاق فکر سازمان و روش انجام آن و ارتباط با بنادر و دستور العمل اداره آن
57- نحوه تعاملات ملی و بین المللی سازمان
58- نحوه اداره بنادر با رویکرد اقتصادی ( یا درآمد هزینه ای نمودن بنادری که قابلیت این موضوع را دارند.)
59- نظامهای انگیزشی و بهبود فضای سازمانی
60- مکانیزم واگذاری اداره مدیریت واحدها به مدیران مربوطه در قالب تفاهم نامه بر اساس حجم فعالیتها و خدمات و قیمت تمام شده